Dès leur sortie, les mangas ou les animes sont classés dans différents genres, allant du shonen, au josei ou au hentaï. Ils sont classés à priori par l'auteur, selon le genre de personnage qu'il met en scène, la complexité de l'intrigue, etc. Puis c'est la maison d'édition qui se charge de la publication et place définitivement le manga/anime dans tel ou tel genre. De façon plus rigoureuse, ces termes ne sont pas vraiment des "genres" à proprement parler, il s'agit purement de cible éditorial, du type de marché que l'éditeur veut cibler en produisant le manga/anime.
Comment les différencier ? Dans la suite des expressions, je ne parlerai que du cas des mangas (en papier), mais vous pouvez considérez que c'est exactement la même chose pour les animes (manga en vidéo).

1- Shonen :
C'est le genre de manga qui est avant tout destiné aux garçons d'âge moyen de 10-12ans.
Shonen (少年) signifie adolescent en japonais.
Il existe plusieurs genres de shonens qu'on peut identifier grâce à la trame de l'histoire et au héros stéréotypé.

Il s'agit du genre de manga le plus répandu parmi les shonens. Plusieurs spécificités le distinguent facilement parmi tous les autres genres de mangas.

L'histoire :
Basiquement, on a (souvent) un jeune garçon qui a un rêve/but exceptionnel à réaliser. Il aura toujours des amis sur qui compter pour l'aider dans cette quête et il aura un ennemi super puissant qu'il devra vaincre, que cet ennemi ait la puissance à l'égal d'un Dieu, qu'il ne s'agisse que de la fatilité ou quel qu'il soit, le héros devra se surpasser pour réussir.
L'histoire se basera sur le parcours initiatique du héros, commençant au stade de simple débutant jusqu'à ce qu'il devienne une personne à part entière. Et dans cette intrigue, la plupart des premiers ennemis du héros finissent toujours par devenir ses grands alliés par la suite (Végéta dans DBZ, Neiji et Lee dans Naruto, Franky dans One Piece, etc).
Par ailleurs, le héros aura un Maître (généralement un vieil homme) qui va l'aider à prendre connaissance de ses puissantes capacités puis lui apprendre à les maîtriser et à les développer : Jiraya et Naruto, Rayleigh et Luffy, Urahara et le père d'Ichigo, etc.
Enfin, l'histoire est abordée avec humour et bonne humeur, bien qu'il y ait des scènes sérieuses, l'ambiance est toujours cassée et ramenée au drôle pour amuser les jeunes lecteurs.
L'honnêteté (justice), l'esprit de groupe (amitié) et le dévouement à l'intérêt général (volonté de vaincre) sont les principales valeurs véhiculées par ces mangas.

Les caractéristiques du héros :
_le héros est souvent orphelin (ou mi-orphelin), ou abandonné par ses parents qui partent en voyage, etc.
_au départ, le héros est maladroit, indécis et naïf.
_le héros a toujours une grande puissance cachée qu'il ne maîtrise que très peu ou pas du tout.
_il a un rêve inaccessible ou difficile d'accès qui est sa motivation dans toute l'histoire pour se surpasser et vaincre tous les obstacles.
_lorsqu'il est sur le point de perdre ou de mourir, sa forte volonté de gagner (= nekketsu) lui donne une force incommensurable pour se relever et vaincre ses ennemis.

L'histoire :
On a un héros masculin normal entouré de jolies filles (harem). Le héros est physiquement faible ou à l'aspect abêti et pourtant les filles se lient de compassion pour lui et sont attirées par lui étrangement. Il y a peu de personnages masculins secondaires ou généralement ceux-ci sont pires que le héros. Cependant, il arrive qu'un rival du héros se distingue et lui fasse de l'ombre en essayant de draguer certaines filles qui sont amoureuses du héros. Celui-ci a alors les meilleures qualités qu'il y ait (bien qu'il y ait un peu d'hypocrisie aussi), mais les filles restent généralement fidèles au héros.
Il y a une romance principale entre le héros et l'une des filles de son entourage. Cependant, à cause des quiproquos et des situations embarrassantes où le héros se trouve, cette fille doute des sentiments du héros et n'arrive pas à se déclarer. Le héros est trop bête pour s'en rendre compte et l'histoire se construit à travers cette dimension. Cette fille pourrait être une bonne amie d'enfance du héros, une fille très kawaï (la fille idéale) et compréhensive, mais elle peut soit être trop timide pour aborder le héros, soit elle le rabaisse et le maltraite souvent pour cacher ses sentiments. Néanmoins, l'histoire reste basique là-dessus, aucune complexité ou intrigue réelle, c'est juste de l'amusement pour les lecteurs du manga. L'histoire ne tourne pas tant que ça sur les sentiments, mais plus sur le côté ecchi (pervers) et le comique des situations. C'est ce qui le différencie du genre Shojo.

Les caractéristiques du héros :
_il est du genre maladroit et n'a généralement rien pour plaire (physiquement ou mentalement) et pourtant toutes les filles du manga sont amoureuses de lui.
_sa maladresse le conduit dans des situations embarrassantes
_il est entouré d'un harem de jolies filles.

Les autres genres :
Les types de shonens ne se résument pas à ça. Il y a une grande diversité qui n'est limitée que par l'imagination illimitée des auteurs (classe l'expression hein). De ce fait, on a des shonens qu'on ne peut pas classer parmi eux parce que ça ne répond pas à ces critères, mais pourtant la cible éditoriale est toujours pour les jeunes adolescents de 12 ans. On peut citer : High School Of The Dead, NHK ni Yokoso, etc.

2- Shojo :
C'est le genre de manga qui est avant tout destiné aux filles d'âge moyen de 10-12ans.
Shojo (少女) signifie adolescente en japonais.

L'histoire :
Tout d'abord, le personnage principal est de sexe féminin. Et elle semble être amoureuse d'un mec beau, célèbre ou l'idole de l'école. Cependant, elle est tout ce qui est de plus normal, s'efforce de réussir à l'école et dans la vie (problèmes financiers, etc). Dans l'histoire, il se trouve qu'elle ait de l'affection et de l'amour pour au moins 2 personnages du manga, et que ceux-ci sont tous les 2 amoureux d'elle aussi. L'un est peut-être l'homme le plus célèbre du lycée ou très riche, l'autre un ami d'enfance dont les sentiments ont évolué de l'amitié à l'amour.
Ceci étant fait que l'histoire d'amour est des plus complexes, on met l'accent sur le sérieux de l'histoire, les quiproquos et les problèmes de coeur qui s'ensuivent... Et si rajouté à cela, il y a une fille qui aime l'un des personnages masculins et qui essaie de mettre des bâtons dans les roues de l'héroïne, le dénouement de l'histoire semble indécis.

Les caractéristiques de l'héroïne :
_elle est toute simple, courageuse, mais indécise
_elle est embarquée dans des situations complexes et peut tomber amoureuse de plusieurs personnages à la fois, ce qui lui déchire le coeur

L'histoire :
Tout commence par une petite fille, à priori normale, qui reçoit une baguette magique ou des pouvoirs spéciaux de quelqu'un. Elle aura des ennemis à affronter dans son parcours mais dans son état normal, elle n'a aucune chance de gagner. C'est pourquoi elle se servira de l'objet magique qu'elle a reçu pour se transformer en Magical Girl (une tenue qui la rend plus forte ou une version adulte et mâture d'elle-même). Il y aura une histoire d'amour ou de romance entre elle et un ami qui l'aidera dans sa quête... ou bien l'ennemi dans le clan adverse s'intéressera particulièrement à elle et des sentiments mûriront entre eux.
Néanmoins, l'amour complexe et difficile est sous-entendu dans ces mangas, couplé à l'idée de devenir plus mâture pour les jeunes adolescentes.

Les caractéristiques de l'héroïne :
_petite fille (shojo) normale qui reçoit un objet/un pouvoir de quelqu'un
_au fil de l'histoire, elle mûrira petit à petit pour devenir un peu plus responsable
_elle est un peu nunuche au naturel, mais s'avère plus directe et sûre d'elle une fois transformée

3- Seinen :
C'est le genre de mangas qui est avant tout destiné aux adultes de plus de 15 ans.
Seinen  (青年) signifie adulte en japonais.

L'histoire :
Contrairement au shonen qui trace la difficulté du passage à l'âge adulte de façon comique et simple, le seinen lui aborde des sujets plus trashs, sérieux et gores. L'histoire raconte la difficulté réelle de la vie ou aborde des scènes de combats très crues et sanguinaires. Le héros n'est plus un enfant si ignorant de la vie ou si faible au départ, il a déjà sa propre force, ses motivations plus terre-à-terre et s'efforce d'avancer sans se détourner de sa voie en écrasant ses ennemis. Les personnages ont un passé lourd ou des traits intrigants, le chara-design est beaucoup plus soigné et dessiné de façon mâture.

Les caractéristiques du héros :
_il a un air sérieux, posé et réfléchi.
_son entourage le respecte et avance dans l'histoire avec lui pour le soutenir
_il est naturellement fort

L'histoire :
Les seinens peuvent également aborder des thèmes divers comme la religion, les mythes ou les légendes, l'horreur, les militaires ou encore la science-fiction... Ces sujets peuvent être trouvés dans des shonens, mais les seinens ont parfois des notions plus complexes, au niveau de la trame de l'histoire dans son contenu. Les personnages sont aussi plus complexes que dans les shonens qui sont souvent idéalisé. Leurs actions ne sont pas toujours justifiées et on appréhende beaucoup plus leurs défauts et leurs vulnérabilités. L'histoire est parfois crue, et les traits des seinens peuvent accentuer cette impression avec des dessins plus réalistes.

4- Yaoi :
Ce genre était uniquement utilisé dans les doujinshis (mangas écrit par des amateurs) à l'origine, montrant des scènes érotiques entre deux personnages masculins.
Yaoi (やおい) serait l'acronyme de [ヤマなし、オチなし、意味なし」yama nashi, ochi nashi, imi nashi : « Pas de pic, pas de chute, pas d'histoire ».

L'histoire :
Le yaoi cible un public féminin, et est souvent écrit par des femmes (même s'il y a des exceptions). Certains yaois n'ont pas d'histoire, et sont proches des hentais dans le contenu (juste que c'est entre deux hommes...). Mais on retrouve aussi des yaois qui ont quand même un fond recherché avec assez souvent des situations comiques ou des personnages attachants. On retrouve souvent des héros qui n'acceptent pas leur situation ou qui ne veulent pas reconnaître leurs véritables sentiments. Lorsqu'un couple se fait, on retrouve le modèle dominant-dominé, les seme (dominants) ont souvent un caractère sûr d'eux et qui savent ce qu'ils veulent. Ils sont généralement représentés en homme fort et grand. Tandis que les uke (dominés) sont souvent fragiles, hésitants dans leurs démarches et se faisant souvent manipuler par l'autre.

Le Shonen-ai :
A ne pas confondre avec le yaoi, le shonen-ai est un genre dérivé du yaoi qui montre des relations entre deux personnages masculins. Seulement cette relation n'est pas aussi poussée que dans les yaois, et il peut s'agir parfois seulement d'une forte amitié ou d'un sentiment de confiance extrême. On ne trouvera donc pas de scènes à connotation sexuelle dans ce genre là.

5- Yuri :
Ce genre est destiné aux hommes, contenant des scènes érotiques entre deux femmes.
Le yuri (百合) signifie Lys en japonais, qui est souvent utilisé pour les prénoms féminins.

L'histoire :
Tout comme pour le yaoi, l'histoire tourne principalement autour des deux protagonistes, qui ici, sont deux femmes. Les personnages sont généralement une fille timide accompagnée d'une fille entreprenante, il arrive également qu'il y ait un triangle amoureux avec l'héroïne mitigée, ou un personnage inexpressif...

Shojo-ai :
Tout comme le shonen-ai, ce genre définit une forte relation entre deux personnages féminins mais n'allant pas forcément jusqu'au bout. Il arrive que l'on voie dans un shojo-ai un couple féminin entre deux personnages secondaires.

6- Hentaï :
C'est le genre de mangas qui est avant tout destiné à un public majeur et averti (+18 ans)
Le mot Hentaï  (変態) signifie "perversion", "bizarrerie" ou "anormalité" en japonais.

L'histoire :
Alors que dire si ce n'est qu'il n'y a pas vraiment d'histoire ?
Le hentaï est un peu l'équivalent des films pornographiques, c'est-à-dire beaucoup de sexe et une histoire à peine développée.
Parmi les hentaïs, on peut noter certains Doujins (juste certains, mais en grande majorité quand même) qui font des "remake" de certains personnages préférés des fans pour les voir dans des scènes torrides et pour +18 ans. Là encore, contrairement au yaoi et yuri, l'histoire n'est pas mis en avant, ce n'est principalement que du sexe.
Dernièrement, les hentaïs, films, eroge (jeux érotiques) sont censurés au Japon à cause de la violence et du jeune âge des personnes qui les regardent, ce qui a impliqué plus de viols au Japon.
Ceux-ci ne deviennent décensurés qu'une fois qu'ils sont licensiés à l'étranger, en France par exemple. Ce qui est peut-être original dans les fantasmes japonais, c'est la présence des cosplays, des lolicons et shotacons (pédophilie qui commence à être sévèrement censuré au Japon maintenant, on comprend pourquoi), les tentacules (des femmes violées par des créatures bizarres avec des tentacules), etc.

Merci à Yukikudo qui m'a aidé pour cet article

Bien sûr pour citer quelques référence pour chaque types:

- Shonen : Dragon Ball, Death Note, Hunter X Hunter, One piece, Naruto...etc

- Ecchi : To Love Ru Trouble, High School DxD, Kiss X Sis...etc

- Shojo : Kilari, Fruit Basket, Parfait Tic, Magical Dorémi...etc

- Seinen : school Days, Angel Beats, Code Geass ...etc

- Yaoi : Angel Sanctuary, Host Club...etc

- Yuri : Blue, Lost Paradise, Utena...etc

- Hentai : Bible Black...etc